「ぼくと魔女式アポカリプス」の主人公に確か妹がいたはずです。１巻で確認出来るかと。
「きみとぼくの壊れた世界」これは妹が外せないです。ある意味最強の妹では・・・？
「紅」シリーズ、ヒロインの堕花雨に光という名前の妹が出てきます。シスコン。
「ROOM NO.1301」シリーズの窪塚日奈も妹キャラとして地位を確立している感じがありますよね、多分。
「花守」あの切ない話にもヒロインに妹出てきますよね。名前が出ません・・・。
「わたしたちの田村君」にも、謎の黒魔術妹が出て来たと思います（やっぱり名前が出てこない・・・）。
「天空のアルカミレス」にも妹キャラ、礼菜が出てきます。
「パラケルススの娘」の主人公の義理の妹・青野和音はどうでしょう？いいキャラですし。
「レジンキャストミルク」のヒロイン・硝子は妹キャラとは言えないでしょうか？ちょっと微妙？
「天使のレシピ」２巻の１話。妹・・・濃い（恋？）妹、出てきますよね。
「D-妖殺行」マーカス兄妹のレイラです。ちょっと上の作品群と毛色が違いすぎますが、振る舞いは長女で妹ですね。

なんか混沌としていてすみません・・・。